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科研進展
苦苣苔科（Gesneriaceae）植物形態多樣、花色豐富、分布廣泛，兼具極高的觀賞與科研價值。為適應不同生境與傳粉者，該類群在形態和適應性性狀上曾經歷多次平行演化。隨著分子系統學的快速發展，傳統上主要依賴形態特征的苦苣苔科分類體系，近年來經歷了深層次的修訂，屬級分類系統也做出了重大調整，逐步趨于統一。細蒴苣苔亞族（Subtribe Leptoboeinae）是苦苣苔科中一個東亞特有類群，目前包括5至8屬約48個物種。長期以來，該亞族在屬級水平上的分類框架屢經變動，界定不清，給物種保護與系統分類帶來諸多困擾，且尚未有相關研究對該類群開展全面的系統發育及進化歷史研究。因此，利用基因組學數據厘清該亞族的系統發育及進化關系尤為重要。 為解答上述問題，中國科學院昆明植物研究所極小種群野生植物綜合保護研究團隊開展了廣泛采樣，覆蓋了細蒴苣苔亞族全部已知屬級單元和相關外類群，共收集27個物種的樣品（圖1），并對每個樣本進行了全基因組重測序。從二代測序數據中組裝出完整的葉綠體基因組，同時篩選出600余個直系同源低拷貝基因進行系統學研究。主要研究結果包括：1）首次基于基因組數據構建了該亞族高支持度的系統發育樹，發現多個關鍵節點存在顯著的基因樹不一致與核質沖突信號（圖2）；2）進一步系統發育網絡分析表明，這些沖突很可能源于歷史上發生的雜交事件，揭示了雜交在該類群物種形成中的重要作用（圖3）；3）結合系統發育與形態證據，正式描述并建立1個新屬——粗莖苣苔屬（Crassicaulis）（圖4），同時證實傳統界定的短筒苣苔屬（Boeica） 為多系類群。研究團隊將補充更多屬級模式種的樣本，繼續對該亞族進行全面、穩健的分類修訂。 該研究以Phylogenomic reconstruction reveals deep reticulate evolutionary history and polyphyletic genus (Boeica) in the subtribe Leptoboeinae (Gesneriaceae),with description of a novel genus為題，在線發表于系統生物學經典期刊Cladistics。昆明植物研究所博士研究生楊豐懋與華南植物園博士后凌少軍為共同第一作者，昆明植物研究所蔡磊副研究員、愛丁堡皇家植物園Michael M?ller博士及海南大學任明訊教授為共同通訊作者，廣西植物研究所溫放研究員、西南林業大學王逸之副研究員、昆明植物所正高級工程師蔡杰、博士研究生楊入瑄、顧威、胡湘洲、林烈文等參與了研究。該研究得到中國科學院戰略生物資源計劃（CAS-TAX-24-059）、第二次青藏高原綜合科學考察研究（2019QZKK0502）以及國家自然科學基金（41871041）等項目的支持。
圖1?細蒴苣苔亞族的取樣代表物種
圖2?檢測與解析基因樹不一致性：通過可視化核基因樹與物種樹在各節點的拓撲沖突（采用Phyparts分析量化）。左上插圖展示了對七個存在顯著基因樹不一致性的屬級分支進行的phytop系統發育沖突分析結果。
圖3?代表性樣品的雜交檢測分析圖示。（a）PhyloNet分析；（b）Dsuite分析。
圖4?新屬物種，粗莖苣苔（Crassicaulis guiliangii） |
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